当时正是魏忠贤把持朝政，熊廷弼在入狱后，因为魏忠贤索贿未果，就加紧了对他的迫害。

此时，正赶上与熊交好的东林党六君子也都入狱，于是，在阉党徐大化、崔呈秀的授意下，两案株连到一起，阉党诬蔑六君子之首杨涟收受熊之贿赂，&ldo;追赃&rdo;的审讯开始，熊家倾尽荡产，家破人亡，熊的大儿子也在&ldo;追赃&rdo;的压力下，自杀身亡。

熊廷弼入狱掀起了对东林党的清算活动，也掀起了天启一朝党争之乱的高潮，这是他根本就没有意料到的，事实上，如果把他也划入&ldo;阁党&rdo;中，他还是东林党的对头楚党的派系。

但是，因为东林党的杨涟等人突破门户之见，为他说了好话，结果反而被魏阉利用，成了党争的工具。

熊廷弼最后死在了王化贞的前面。

他的死与东林六君子的死前后相差不到一年。

斩首后首级还传首九边，他的头被传来传去，让所有活着的人无不胆破心寒。

而真正的罪人王化贞因为与阉党就有勾结，反而没有被处死，直到五年后才执行了死刑。

追赃活动持续了很多年，熊家的人在这次持续时间极长的勒索活动中很少有人善终，直到崇祯上台，勒索活动才告停止。

熊廷弼是明朝继于谦后，用极端手段冤杀的又一个军事天才，也是明末党争之祸的牺牲品。

此后，辽东的大片土地被占领，无人可守。

而这时临危受命的则是名动天下的孙承宗。

孙承宗是万历三十二年中进士，授给编修，此后，充当日讲官，为天启皇帝朱由校当过讲师，深为天启所重，呼之为&ldo;吾师&rdo;。

他在朝野上下，名望极高。

同样的，他的军事战略眼光之高似乎尤在熊廷弼之上，这一点，从他一接掌兵部就能看到。

他一到任，马上精简京师的军队，抽调兵力，修筑蓟镇长城，巩固山海关老龙头边防，处罚办事不力的大臣、将领，推荐兵部左侍郎王在晋接任熊廷弼为辽东经略，雷厉风行而有条不紊。

而这其中他做的最重要的一件事，是推荐当时名不见经传的作战参谋袁崇焕为山东按察使佥事，这个伯乐之举，为明王朝最后一个军事天才袁崇焕的脱颖而出创造了绝好的机会。

上任不久，孙承宗发现他举荐的辽东新任经略王在晋是个平庸之辈，毅然将他换下，以兵部尚书亲自督军山海关，这一点，在当时一个绝对了不起的行为。

为表彰他，朝廷下职，命他对总督山海关及蓟镇、辽东、天津、登、莱诸处军务，并享受特权，可以便宜行事，不受朝廷节制，批给八十万军费供其使用。

其风头之劲，一时无人能及，即使当年的戚继光，也未免要甘拜下风。

辽东军备，这时焕然一新。

但就此时，在军事上无所不能、深受将领与边关军民爱戴的孙承宗，却没想到，因为在无意间得罪了一个人，竟然在转眼间令自己如日中天的功名事业一下子跌进了谷底。

孙承宗得罪的这个人，就是天启皇帝身边的红人，大太监魏忠贤。

由于孙承宗曾经是帝师现在又是帝国军队最高首长的身份，魏忠贤对他最初采取的是拉拢的姿态。

但是孙承宗从不买账，甚至连与他普通的交往都不屑于敷衍，令魏阉怀恨在心。

后来孙承宗坐镇辽东时，魏忠贤又派太监刘应坤借犒劳之际表示了拉拢之意。