通过这些措施，清政府围绕加强对青海地区的统治这一中心目的，对青海的政治、经济、军事、宗教等方面进行了全面改革。

开展屯田，兴办农业，和蒙古等进行朝贡互市等措施，都进一步促进了少数民族经济的开发和民族的融合。

而对一些区县的划分则使得清政府大大加强了对青海地区的直接控制。

青海内部台吉的封建特权尚未丧失，喇嘛教寺院的宗教权威也仍保留，但它们已不再作为独立的政治势力而存在，蒙古王公束缚于旗制之内，喇嘛寺院成为清政府统治蒙藏人民的工具，清中央政府对青海地区的统治大大加强了。

出兵西藏，剿灭乱党

青海问题解决以后，清政府就把目光转移到西藏问题上来。

西藏地处祖国西南边陲，和新疆、青海、四川、云南等省相邻。

作为藏传佛教的圣地，西藏是一个有着独特风情和民风的地方。

境内佛教势力很大，各种教派纷呈。

早在南宋淳祐四年（1244年），西藏佛教派别中势力最大的萨迦派（俗称花教）教主萨迦班智达前往凉州（今甘肃武威）觐见元太宗孛儿只斤窝阔台的皇子阔端，议定了归顺蒙古帝国的条件及贡赋，自此西藏正式归入中国版图，而在此之前西藏一直作为中原王朝藩国。

由于在西藏归顺过程中所起到的推进作用，萨迦派从而得到了元朝统治者的恩宠。

元朝统治者进入中原后，开始接触盛行于中国的各种教派，在诸教派中，他们比较偏爱密宗佛教，于大都（今北京）兴建了密宗佛教的大型寺宇万安寺（今白塔寺前身）。

萨迦班智达逝世后，其侄八思巴于元朝至元六年（1269年）被元世祖忽必烈封为&ldo;大宝法王&rdo;，意思是萨迦政权的创始人第一任萨迦法王。

至此，西藏历史上第一次出现了以&ldo;僧人统国&rdo;为特点的政教合一的地方政权。

后来，元明统治者也都曾对西藏进行过有效的管辖。

明末，蒙古人固始汗入藏，控制了西藏地方政权，使政教合一的局面得以改变。

清初，皇太极曾和西藏汗及掌佛教大喇嘛有书信往来，固始汗也曾派人专程抵达盛京，觐见太宗，太宗优以厚礼。

顺治时，达赖喇嘛与清朝的关系又有新的进展。

顺治九年（1652年）十二月十五日，达赖喇嘛及班禅、固始汗代表至京拜谒顺治帝，顺治十年二月，达赖辞归。

四月，顺治帝封达赖为&ldo;西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛&rdo;，赐满、汉、藏三种金册、金印；封固始汗为&ldo;遵行文义敏慧固始汗&rdo;，赐满、汉、藏三种金册、金印。

这样，正式确立了西藏对清廷的隶属关系，在西藏形成了政教分治、蒙藏联合的局面。