二、在布隆吉尔筑置新城，驻兵五千，沙州等地也各设兵防守。

驻军由甘、凉、肃三路所属军队派往。

在驻防兵内，每营拨余丁两百人，给予耕牛、种子、口粮，到赤金卫、柳沟所垦地，三年后计亩收粮充饷。

三、请移靖逆卫同知驻布隆吉尔处理民事，并增设卫守管理屯粮，在沙州设千总，专管屯务，归肃州道管辖。

四、边外既设驻防肃州镇，只于口内分守，应汰兵八百，并令驻兵耕种，不应仍令游牧生事。

派遣大臣率员到布隆吉尔迤南山中分地居之，以使地界明析。

这些措施大多被雍正帝采纳。

不久，年羹尧派兵肃清叛匪余部。

平叛战争结束之后，年羹尧向雍正帝提出了《善后事宜十三条》和条奏《禁约青海十二事》，其中对青海的善后抚治进行了详细的论述。

年羹尧向雍正帝提出了对青海进行有效的管理如编户齐民、定朝贡和互市制度、整饬喇嘛庙等等一系列措施。

雍正帝认为年羹尧条划周详，根据他的建议，又同众臣讨论，最后在青海地区实行了一系列的改革，主要的有：

一、大力整饬蒙古各部。

对于青海和硕特蒙古诸部首领，根据他们在战争中的态度分别给以赏罚，恩威并施，以警戒其余诸部。

二、对于青海地区的蒙古各部，仿照内蒙古实行札萨克制度，将青海蒙古各部编为二十九旗，每百户编为一佐领，不满百户者编为半佐领，数个佐领编为一旗，即一札萨克。

每旗旗长由部落首领即台吉担任，每札萨克俱设协领、副协领、参领各一员，游牧于青海的其他蒙古各部，也依此例编旗分为佐领，共有绰罗斯两旗，土尔扈特四旗，辉特一旗，喀尔喀一旗，但这八旗不再如从前那样隶属和硕特，而是区划出来直接听命于中央政府，政治地位与和硕特相等。

每年会盟一次是游牧民族自古以来形成的定制，同时对促进本民族的进步和稳定也有积极作用。

正缘于此，雍正帝尊重这一民族习惯，同意予以保留，但为使会盟不致成为反叛分子进行叛乱的工具，清政府将会盟划归政府管理，由西宁办事大臣主持。

从各旗选择老成恭顺者委充盟长，&ldo;如朝廷遣官敕往，不论秩崇卑，王公以下俱跑迎，有背贰者必惩。

&rdo;各旗划分地界，不得私占牧地和私自往来。

这一禁约，表明了清政府在青海地区明确申明土地国有，并疏离了各部之间的关系，竭力避免分裂分子利用民族亲缘的凝聚力培植反动势力。

三、抚治藏民。

青海、四川、甘肃、云南等省境内的藏民，自明朝以来就不能抚治，&ldo;或归喇嘛耕种，或属青海纳租&rdo;，他们也参加了罗卜藏丹津的叛乱。

这时应乘平定叛乱之机，将他们收为编户齐民，设立卫所，征其赋税。

另在一部分藏民中仍命土千户、百户、巡检，归原先设立的道、厅及新建的卫所管辖。

他们所纳钱粮，要少于原交给喇嘛寺和和硕特的额数，以示宽大。

四、改西宁卫为西宁府，下设西宁县、碾伯县（碾伯所改）、大通卫。

筑大通、白塔、永安三城，分设总兵、参将、游击，屯兵驻守。

设&ldo;青海蒙古番子事务大臣&rdo;，总理青海政务。