雍正帝鉴于罗卜藏丹津不听劝告，举兵反叛，决定调集两宁、松潘、甘州等处清军，平定叛乱。

雍正元年十月初，命由甘州进驻西宁的川陕总督年羹尧为抚远大将军，负责组织指挥平叛事宜。

谕令西北的平逆将军延信，防边理饷诸大臣，四川、陕西、云南三省督抚提镇，俱听候年的调动，以统一行动。

又任命四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务。

年羹尧刚到西宁时，清军尚未齐集，叛军&ldo;悉破傍城诸堡，移兵向城&rdo;。

年羹尧一面指挥当地清军在西宁外围与叛军作战，一面加紧进行平叛部署：奏请授前锋统领索丹、四川提督岳钟琪为参赞大臣；征调川、陕汉、土官兵；令云南提督郝玉麟、察木多总兵周瑛、副都统黑色、副将张成龙等率兵驻扎察木多（今西藏昌都）、黄胜关、巴塘、里塘等处，以截断叛军入藏之路；令靖逆将军富宁安派兵驻防吐鲁番、噶斯等地，以防叛军与准噶尔勾结；增加甘州、永昌、布隆吉尔（今甘肃安西布隆吉乡）等地的防守兵力，以防叛军内犯。

年羹尧布置就绪后，下令进攻西宁周边的镇南、申中、南川、西川和北川归德等地。

这些地方的叛军，大部分是青海西宁塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗的黄教信徒，成分复杂，也未经过什么正式军事训练，可以说是乌合之众，因而在清军的大反攻下一击而溃。

清军先声夺人，断了罗卜藏丹津的羽翼，罗卜藏丹津这时方从复兴元蒙政权的美梦之中醒过来，感到了恐惧，暗悔当初莽撞，乃送还使者常寿，请求罢兵。

雍正帝谕令年羹尧，表示坚持武力平叛，不许叛逆请和。

十二月，蒙古原持观望态度的诸贝勒、贝子、公、台吉等率胁从叛众十余万投降清朝。

雍正二年（1724年）正月，岳钟琪又先后派兵平定了郭隆寺、郭莽寺、石门寺、奇嘉寺等寺喇嘛的叛乱，其中尤以攻打郭隆寺一役最为激烈。

郭隆寺本为章嘉胡土克图呼毕尔汗住持的寺院，属下喇嘛与罗卜藏丹津、策妄阿拉布坦关系密切，因而抵抗十分顽强。

在岳钟琪指挥下，清军奋勇进击，叛军伤亡惨重。

此时，只剩下罗卜藏丹津尚负隅顽抗于乌兰呼尔之柴达木。

年羹尧与诸将商议进军方略，拟调兵二万余，由西宁、松潘、甘州、布隆吉河四面会攻。

岳钟琪认为青海地区广阔，敌军尚不下十万，若我军深入敌分散诱我，击此失彼，反而会四面受敌，不如乘春草未生，以精兵五千，直捣敌巢。

雍正帝考虑再三，认为岳钟琪的方案可行，遂诏专任岳钟琪，命他进军。

二月初八日，岳钟琪率军进击，追奔一昼夜，抵达敌巢。

敌人尚在睡梦中，仓皇惊起败逃。

罗卜藏丹津衣着女装，逃往准噶尔。